Системно просто выводит количество сообщений мигание можно добавить лишь анимацией(gif) либо скриптами.
Если делать с GIF можнос делать вот так:
<?if($UNREAD_PM$>0)?>$UNREAD_PM$ <img src="http://9bclass.ucoz.ru/IMSTP.gif"><?else?><?if($UNREAD_PM$<1)?>0<?endif?><?endif?>
в то место где выводится количество сообщений установите этот код, вместо ссылки на фото выше установите свою иконку.