Все правильно, так работает тег pre если вы об этом не знали, желательно, после того как уже завернули текст в данный тег сразу же настраивать пробелы между строками прямо в редакторе, тогда пробелы сохраняются.
С данным тегом приходится работать часто, как задашь ему пробелы в редакторе так и будет, а если просто завернуть текст в данный тег, да, сразу же все теги <br> и тому подобные исчезнут, данный тег и очищает автоматически.