Question

добавленные файлы находятся во всех подпунктах, независимо от того именно в каком подпункте они были добавлены

Answer 1

Перейти в Панель управления - Главная - Дизайн - Конструктор меню, далее с помощью мыши перетягиваем нужные вам подпункты и вкладываем куда вам необходимо не забывая после сохранить изменения.

Более детально о создании многоуровневого меню, читаем в материале - http://manual.ucoz.net/board/39-1-0-161