> Теперь получается, что в интернет-магазин можно попасть только если в настройках поставить на Главной странице показывать модуль Интернет-магазин.
>> Верно, магазин открывается на главной и ваши оба пункта меню как Главная так и Интернет магазин дублируют друг друга.
В общих настройках измените вместо Открытия магазина как главная, выставьте снова Главную страницу.
Далее можно поступить следующим способом, перейти в Панель управления - Главная - Дизайн - Конструктор меню, далее найти пункт Интернет-магазин, отредактировать и в поле URL адрес изменить урл на - /shop/all