Все из-за того, что при установке шаблона у вас было активировано несколько самых необходимых для вас модулей и соответственно в этих модулях все отлично и дизайн новый установился как нужно.
После установки шаблона, вы активируете новый модуль и соответственно по умолчанию в нем будет дизайн который выбран в общих настройках то есть системный.
Чтобы навести порядки в модулях которые были активированы после установки шаблона, самым оптимальным выходом будет, создать тестовый сайт, далее активировать в нем все модули, после имеющийся шаблон установить на нем, файлы и изображения не загружайте не нужно.
После просто пройтись по шаблонам:
Перекопировать содержимое и сохранить в идентичные страницы шаблоны на вашем действующем сайте.
Контент-модули
Продвижение сайта
Управление сайтом