Зачем проверять на индексацию файл верификации в яндексе ? И не должен данный файл индексироваться так как такой мусор для индекса не предназначен. Красное сообщение выдает информативное, вы прочтите что там написано. Все именно так и есть, запрещается директивой Disallow: /yandex