Исправляется это каноникалами, на странице материала и комментариев модуля ставится каноникал в блоке хеад:
<link rel="canonical" href="$ENTRY_URL$" />
плюс на странице категории там же в хеад:
<?if($CAT_URL$)?><link rel="canonical" href="$CAT_URL$" /><?endif?>
вот и все, после дублей не нужно ждать, конечно придется подождать пока яндекс и гугл все пересканируют и выкинут дубли если они присутствуют.