Question

При смене шаблона сайта меняются только глобальные блоки, а CSS код не обновляется?

при смене шаблона ксс код не обновляется, и в файловом менеджере его тоже нет

Answer 1

Верно, в таблицу стилей нужно перейти и нажать кнопку - Восстановить стандартный шаблон, так всегда после смены стандартного  шаблона.

К файловому менеджеру смена стандартного шаблона никак не относится.