Вам нужно обратиться в техподдержку с Панели Управления сайта пункт Помощь - Служба поддержки - Бесплатная / Платная техподдержка. В обращении попросить отключить лимит в 5 тыс товаров для фильтров модуля магазин. Если в разделе больше 5 тыс товаров, на системном уровне фильтры отключаются (сделано для меньшей нагрузки на сервера). По запросу в техподдержку этот лимит отключают.