Если удаляются материалы в которых были указаны значения в фильтрах и которые не используются в других материалах, эти значения автоматически очищаются с селектора фильтра. Если же после удаления материалов в которых эти значения использовались не очистились автоматически с фильтра, тогда это баг, хотя мне ее зафиксировать не удалось. Если у вас данная проблема является актуальной, стоит написать в техподдержку с Панели Управления сайта пункт Помощь - Служба поддержки - Бесплатная / Платная техподдержка. Там проверят проблему и если она имеет место быть, будет заведена задача и передана на исправление ответственным специалистам.