Все правильно, вы его очистили вовсе от блоков, потому и не работает. Добавьте в первый контейнер напрямую код блока поиска:
<!-- <block6> -->
<?if($SEARCH_FORM$)?>
<div class="sidebox"><div class="sidetitle"><span><!-- <bt> --><!--<s3163>-->Поиск<!--</s>--><!-- </bt> --></span></div>
<div class="inner">
<div align="center"><!-- <bc> -->$SEARCH_FORM$<!-- </bc> --></div>
</div>
<div class="clr"></div>
</div>
<?endif?>
<!-- </block6> -->
сохраните изменения, после перейдите на страницу сайта и попробуйте добавить блок.