Да, есть лимит файлов и папок на одном уровне вложения не более 200. Чтобы избежать переполнения, удалите сохраните несколько файлов на компьютер и после удалите их с папки файлового менеджера. После внутри папки создайте несколько новых паппок вместо удаленных файлов, после чего удаленные файлы загрузите в новые папки. Только так можно решить данный вопрос. Не захламляйте корень фтп сайта, создайте в одной из папок 10-20 папок под разные тематики фото и у вас не будет никогда проблем с тем вопросом который вы сегодня задаете.