Вот пример условия, поиск точечно только для модуля новости:
<?if($MODULE_ID$='news')?>$MODULE_SEARCH_FORM$<?endif?>
Если делать с помощью кода, вот как пример поиск лишь по модуля статьи:
<div class="searchForm" align="center">
<form onsubmit="this.sfSbm.disabled=true" method="post" action="/publ/">
<div class="schQuery">
<input name="query" maxlength="30" size="20" class="queryField" type="text">
</div>
<div class="schBtn">
<input class="searchSbmFl" name="sfSbm" value="Найти" type="submit">
</div>
<input name="a" value="2" type="hidden">
</form>
</div>
Где выделенное красным думаю вы сами уже догадались, под соответствующий модуль нужно просто вписать урл модуля:
/publ/
/news/
/video/
/load/
/board/
ИТД.