Со временем все проиндексируется. Сссылки на категории везде есть в меню. Но вы зря создаете разделы и категории. Легче было бы, если были только категории Если срочно надо, в вебмастере Google есть функция смотреть как Google bot, там можно передавать ссылки на индексацию. А в вебмастере Яндекса есть функция переобход страниц